Изначально построенная деревянная для швартовки первых кораблей Севастополя. Командующим в нем, был контр-адмирал Фома Фомич Меккензи (Шотландец Томас МакКензи); поселившись возле нового порта в 1783 году, он построил для себя близ берега казенный дом, обращенный потом к приезду Императрицы Екатерины II, в её дворец. Меккензи начал строить против своего дома деревянную пристань. Затем по приказу Потёмкина 3 (14) июня 1783 года была заложена каменная пристань. Это одно из первых каменных строений города по свидетельству Дмитрия Николаевича Сенявина, "была сделана с небольшом в месяц " из тесаного местного камня. В 1787 году к приезду Екатерины II пристань благоустроили и официально назвали Екатерининской. Однако это название не прижилось среди жителей города и моряков. Утвердившееся название у Севастопольцев "Графская пристань", обязана своим названием второму командующему Севастопольской эскадрой после смерти Меккензи (1786-1790 годов) графа и контр-адмирала Марко Ивановича (Серба по национальности) Войновича, который каждый день причаливал здесь, приезжая со своего хутора расположенного на Северной стороне Севастопольской бухты, и при котором пристань была закончена.
Разрушенная в годы Великой Отечественной войны, Графская пристань была отремонтирована в послевоенные годы. В 1968—1969 годах, по проекту архитектора В. М. Артюхова и инженера А. И. Михайленко, был выполнен ремонт лестницы, а в 1987—1988 годах отреставрирована колоннада.
Графская пристань является главной пристанью города. Здесь начинается военно-морской парад кораблей Черноморского флота России и ВМС Украины в День Военно-Морского флота, собираются ветераны Великой Отечественной войны.